阿拉善右旗妇幼保健站担负着全县的妇女保健、儿童保健、婚前保健、围产保健、托幼机构卫生保健及乡、村级妇幼保健人员的培训考核、工作指导等工作。科室设置合理，设有办公室、妇保科、儿保科、婚检科、信息宣教科、医技科等，各科室具体功能简介如下：
妇保科：孕产妇系统管理；高危孕产妇专案管理；妇女病普查普治；孕产妇死亡上报，死因分析，漏报调查。
儿保科：儿童系统管理；体弱儿专案管理；托幼机构卫生监督与指导；儿童、围产儿死亡上报，死因分析，漏报调查。
婚检科：婚前医学检查；婚前教育与指导。
信息宣教科：制定宣传教育计划；掌握有关资料和数据，以指导工作。
医技科：主要设备有大型X光机、进口B超机、红外线乳透诊断仪、半自动生化分析仪、离心机、水浴箱、微波综合治疗仪和与保健科专业相关的必备设备。
多年来阿拉善右旗妇幼保健站始终贯彻落实《中华人民共和国母婴保健法》和《母婴保健实施办法》，以党的精神为指导思想，以保健为中心，以保障生殖健康为目的，面向群体，面向基层和预防为主的方针，立足改革，谋划发展，勇于创新，采取有效措施，全面提高了我县妇女、儿童的健康水平。